Можно ли ограничивать доступ для отдельных пользователей?
Да. В «Настройки проекта» → «Команда и доступ» пригласите пользователя или укажите его email и выберите роль: наблюдатель, редактор или администратор проекта. Доступ по приглашению появится после его принятия.
Для закрытого проекта выключите «Доступен на площадке» и «Публичная витрина». При ограничении прав проверьте «Источники прав»: доступ через компанию и другие источники суммируется.